Идея создания музея в городе, которому в июне 1984 года должно было исполниться 30 лет, возникла в начале 1980-х годов. Секретарь горкома КПСС Коньков В.И. и председатель горисполкома Кузьменко Н.И. обратились с письмом к заместителю министра среднего машиностроения СССР Усанову А.Н. с просьбой разрешить в XII пятилетке строительство городского Музея Трудовой Славы. Согласие на строительство было получено 17 июня 1984 года.

Открытие выставочного зала-музея должно было состояться 1 января 1988 года согласно постановлению Комитета КПСС и Исполнительного комитета городского Совета народных депутатов г. Томска-7 от 24.12.1987 г. за номером Б-42/19.
В действительности же музей открылся для посетителей 25 марта 1988 года, когда для посетителей открылись первые выставки.
С какой же даты вести отсчет дню рождения музея?
Официально датой рождения музея считается 24 декабря 1987 года.

25 марта 1988 года для посетителей были торжественно открыты первые три выставки: "Традиционная культура народов Востока" (из фондов Томского государственного объединённого историко-архитектурного музея), "Томские художники" и "Детское творчество" (работы учащихся художественной школы г. Томск-7). Последующие выставки были привозными: из московского РОСИЗО, ленинградских музеев - Русского, музея имени А.В. Суворова, Эрмитажа.

В 1987 году Кузьменко Н.И. обратился с письмом в Министерство культуры РСФСР с просьбой оказать содействие в получении произведений искусства из фондов Республиканского центра художественных выставок и пропаганды изобразительного искусства для открывающегося в городе выставочного зала-музея. Позже в только что открывшийся музей местные краеведы - активисты Всесоюзного общества охраны памятников истории и культуры передали предметы, обнаруженные на территории п. Чекист, в Иглаково и Белобородово, на берегах Киргизки и Томи, строительных площадках.

Строительно-монтажные работы осуществлялись генеральным подрядчиком СМУ-3 Управления "Химстрой" с января 1987 по июнь 1988 года. Здание, построенное по проекту специалистов ТО ВНИПИЭТ под руководством ленинградского архитектора И.П. Пушкова в конце 1980-х годов, было самым необычным в городе и привлекало внимание его жителей. В фасад и крышу здания были встроены стеклянные купола, дающие свет и воздух в выставочные залы второго этажа музея.

Первыми сотрудниками музея были:

директор - Матвеев Михаил Михайлович,
главный хранитель - Рудая Ирина Михайловна,
научный сотрудник - Воробьёва Светлана Геннадьевна,
экскурсовод Коверко - Наталья Аркадьевна.

Открытие выставки "Радуга Севера" из музея им. Ярославского (Якутск). 1989 г.

Атрибуция предметов, введение их в исторический контекст - задача сотрудников отдела учёта и хранения фондов во главе с главным хранителем Швецовой О.В. Этот процесс является настоящим серьёзным исследованием. Системное комплектование фондов началось с 1993 г. В настоящее время фондовое собрание насчитывает 145 000 единиц хранения, 3/4 из них входит в государственную часть Музейного фонда РФ.

Отдел сформирован в 1991 году и до 1996-го носил название экспозиционного. Первые сотрудники отдела - Воробьёва С.Г. и Мушинская Н.Г. были и историками, и экспозиционерами. Сейчас в задачи отдела, возглавляемого Берловской О.С., входят самые разнообразные задачи: от комплектования фондов, исследований в рамках научных тем по истории северских территорий до проработки грантовых и конкурсных заявок, издательской работы и экспозиционной деятельности.

Отдел был создан в 1993 году. Работа первых сотрудников отдела по исследованию древних культур, к.и.н. Бардиной П.Е., к.и.н. Васильева Е.А., профессора Плетнёвой Л.М. существенно расширила профиль работы музея. Помимо археологических изысканий отдел под руководством Цуриковой А.Ю. ведёт исследовательскую работу по этнографии русских сибиряков и коренных народов Сибири. Известный этнограф Бардина П.Е. - автор множества исследований на эту тему.

Отдел образован в 1997 году и работает по уникальной системе непрерывного музейного образования на основе музейных коллекций для детей 5-18-ти лет. Отдел сотрудничает с общественными организациями города, уделяет большое внимание мероприятиям семейной направленности. Любимые горожанами музейные акции "Рождество в музее", "Ночь музеев", "В северский музей - по пятницам!" - заслуга сотрудников отдела.

За годы работы музей развился из узких рамок выставочного зала в культурно-образовательное и научно-исследовательское учреждение, в котором работают исторический отдел, отделы учёта и хранения фондов, археологии и этнографии, культурно-образовательной работы и музейной педагогики. 38 сотрудников музея сохраняют и популяризируют историческую память северских земель.

1995

• Разработка системы непрерывного музейного образования «Музей и дети»
• Диплом Международных Красноярских музейных биеннале за выставочный проект «Археологические древности Нижнего Притомья»

1997

• Вступление в Международные ассоциации ИКОМ и «Открытый музей»
• I Межрегиональная научно-практическая конференция «Музей и город – 1997»
• Международный грант «Института Открытое общество. Фонд содействия»

2001

• Открытие историко-краеведческой экспозиции «По реке времени»
• III Межрегиональная научно-практическая конференция «Музей и город - 2001»

2002

• Приз зрительских симпатий на Межрегиональном туре конкурса методик программы «Разговор о правильном питании. Воспитываем здоровое поколение» института возрастной физиологии РАО совместно с Nestle за проект «Пир на весь мир»

2005

• Победа во Всероссийском конкурсе фонда В. Потанина «Меняющийся музей в меняющемся мире» с проектом «Открытый музей в закрытом городе».

2007

• Специальный приз жюри XIX Всероссийского фестиваля «Интермузей-2007» «За творческий подход к представлению «Археологических памятников»
• II место I Областного музейного конкурса за проект «Харьковский минный завод в годы войны»

2013

• Победа в конкурсе на участие в Областной долгосрочной программе «Развитие культуры в Томской области на 2013-2017 гг.» с проектом «Кадры из жизни Zero. История Северска в фотографиях»
• Победа в конкурсе на участие в ВЦП «Развитие туризма в Томской области на 2013-2017 гг.» с проектом «Закрытый. Открытый»

2014

• Победа во Всероссийском конкурсе ФЦП «Культура России 2012-2018 гг.» на установку информационной системы КАМИС
• Участие в Первом Фестивале Русского географического общества в Москве с экспозицией «Археология земли Томской»

2017

• Березовская С.В., Михеева Л.А., Ковальчук Ю.А. - лауреаты Всероссийской историко-литературной премии «Александр Невский», специальная премия "Духовный подвижник" за проект «Святой праведный старец Феодор Томский»
• Победа во Всероссийском конкурсе фонда В. Потанина благотворительной программы «Музейный десант» в номинации «Групповые поездки по России для музейного руководства» по программе «Актуальные музейные тренды»
• Музей - лидер среди музеев 17 городов ГК «Росатом» по итогам мониторинга ГК «Росатом»
• Берловская О.С. – победитель Всероссийского конкурса X Байкальской Международной школы социальных исследований «Документы человеческой жизни: способы понимания и ловушки интерпретации»

2020

• Музейный выставочный проект "НАШИ. Живые. 75-летию Победы в Великой Отечественной войне посвящается" представлен в виртуальной экспозиции XII международного фестиваля "Интермузей-2020" (проходил 27-29 мая в цифровом формате).
• Выставочный проект "НАШИ. Живые. 75-летию Победы в Великой Отечественной войне посвящается" - дипломант всероссийской историко-литературной премии Александр Невский.
• Проект "Музейный марафон "PRO здоровье, для здоровья и долголетия" - победитель конкурса социально-значимых проектов АО "ТВЭЛ".
• Проект "Этнографический марафон" - победитель Открытого благотворительного конкурса «Новая роль библиотек в образовании» фонда М.Прохорова.

2020

• Победа в номинация «Образ жизни» волонтёра музея Дашиева А.С. конкурса «Музейный волонтёр» программы «Музей без границ» благотворительного фонда В.Потанина.
• Победа в номинации «Индивидуальные поездки для участия в международном фестивале «Интермузей» Берловской О.С. конкурса «Музейный десант» программы «Музей без границ» благотворительного фонда В.Потанина.
• Проект «Видеоблог «Идём в Street» - серебряный призер конкурса культурных диджитал-продуктов «АтомLike» программы ГК Росатом "Территория культуры".